Unified Modeling Language
http://www.rational.com/uml/index.jsp
http://www.rational.co.jp/uml/index.html
http://www.ogis-uml-university.com/
UMLの仕様書ぐらいは目を通しておいてください。
ぼくの場合記述する場合、MagicDrawもしくはIIOSSを利用する場合が多いです。
ただ基礎設計の時はポストイットに丸とか四角とか書いて壁に貼付けるって事もします。その後でMagicDraw化した方が奇麗に設計ができるかも。。
壁に落書きしたり、穴をあけるわけにはいかないのでうまく線をつなげる方法を考えてないのが欠点ですが。。
なんか本当はホワイトボードとかの方がいいのかもしれないですが、あまり必要ではないです。
http://qse.ifs.tuwien.ac.at/~auer/umlet/index.html
LaTeX で UML
http://www.charvolant.org/~elements/
http://www.ensta.fr/~diam/latex/pst-uml/
Tool
http://www.spinellis.gr/sw/umlgraph/