概要
標準的な物では仕様が巨大すぎます。SGML系の処理系には日本語の扱いがおかしなままの物が多いですし、今更SGMLを利用するのはあまり意味がありません。
上記の理由よりXMLのDocBookを利用し、モジュールの一部として利用するのがよいかと思います。
特にXHTMLとDocBookでくみあわせると文書記述系の構造は比較的用意に作成可能だと思われます。
URL
http://www.oasis-open.org/docbook/
DocBook Open Repository Project:HTMLやFOへの変換用XSLT等を開発している
インストール
設定
DocBookLite
So You Want to Write a Book? Chapter 2
変換
http://docbook2x.sourceforge.net/
Welcome to the DB2LaTeX XSL Stylesheets
DocBook XSL: The Complete Guide
ソースコード色付け
ソースコードに色がついてほしい物ですがprogramlistingタグを利用してもできません。一々自分で色を指定する事になります。。
Tool
docbk-menu-mode ― a DocBook menu for GNU Emacs
参考サイト
Docbook Frequently Asked Questions